La basilique gothique fut construite au XIIIe siècle et remaniée de nombreuses fois. Lorsque Karol Wojtyła étudiait la théologie à Cracovie, il y venait souvent pour assister à la messe. Il s’asseyait dans la nef, sur un banc aujourd’hui signalé par une plaque, à gauche de l’entrée, près de la tribune. Le futur pape priait souvent devant l’image de Notre-Dame des Douleurs, appelée « Bienfaitrice triste de Cracovie », dans la chapelle à droite de la nef. En tant qu’évêque et cardinal, il célébrait le Chemin de Croix dans la chapelle de la Passion (de l’autre côté de la nef). Aujourd’hui, la chapelle abrite une copie du Saint Suaire de Turin, consacrée par Jean Paul II, ainsi que le cercueil d’Aniela Salawa qu’il béatifia.
En 1896, Stanisław Wyspiański a travaillé sur des peintures murales dans l'église des pères Franciscains. Il a décoré les murs du chœur, du transept, de la partie initiale de la nef principale et des façades ouest. Les peintures sont dominées par les motifs des fleurs sauvages, des herbes et des étoiles. Près de l'autel, il a effectué des peintures figuratives. En 1897 et 1902, Wyspiański a travaillé sur les projets des vitraux: « Saint-François », « la Bienheureuse Salomé », « Éléments » et le plus connu et le plus grand « Dieu le Père ».